Nace en Madrid, España, donde estudia con Gerardo Arriaga y obtiene el titulo de profesor de Guitarra. Atraido por los instrumentos de cuerda pulsada del renacimiento y barroco continua sus estudios musicales con Jesús Sánchez, obteniendo el titulo de profesor en esta especialidad en Madrid, España. Seguidamente, estudia con Juan Carlos Rivera en el Conservatorio Superior Manuel Castillo de Sevilla, España y se traslada a Basilea, Suiza para estudiar con el maestro Hopkinson Smith. Posteriormente ingresa en la Eastman School of Music en Rochester, Nueva York donde obtiene un Master y un Doctorado en interpretación de instrumentos antiguos de cuerda pulsada con el maestro Paul O'Dette. Desde su ingreso en la Eastman School of Music trabajó como profesor asistente de Paul O'Dette, impartiendo clases de laúd.
Manuel Minguillón ha participado como solista y en grupo en numerosos países como España, Italia, Suiza, Polonia, Estados Unidos, Canadá, México y Reino Unido tocando en lugares tales como: Auditorio Nacional de España, Fundación Juan March y Fundación Cajamadrid en Madrid, España; Early Music Festival of Rochester, en Nueva York, Estados Unidos; VII International Clavichord and Lute Symposium en Magnano, Italia; III Conferencia Internacional sobre el Barroco Transatlántico y London Early Music Festival en London Ontario, Canadá. Es miembro fundador del grupo Ensemble Tarantella y del duo de vihuelas Delitiae Musicae junto a Jesús Sanchez con los que recientemente ha realizado conciertos para la Embajada de España en Canadá, en Montreal, Otawa, Toronto y Quebec. Es miembro del grupo multidisciplinar de investigación The Hispanic Baroque de la Universidad de London, Ontario en Canadá donde en la actualidad y hasta el año 2013 estudia sobre los Tonos Humanos en España y en el Nuevo Mundo. Actualmente vive y trabaja como interprete y profesor de Instrumentos de Cuerda Pulsada Renacentistas y Barrocos en Londres, Reino Unido.